后来毛文龙有头大不掉之势，于是才有“登抚倚重沈帅而与毛帅相左”。

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大批清流相继遭罢，袁可立也被迫卷入党争旋涡而去职。沈有容无有所依，决然随袁可立去官。自此，毛文龙失去了最有力的支持和节制，一年后，边事告急，袁可立以“廷推”再入兵部，与阉党终日周旋，后因反对“吊孝议和”，被迫致仕。又三年，毛文龙被矫诏杀害，三个月后发生了明金交战以来后金首次兵临北京城下的“己巳之变”。

登州迎来了一年一度的元宵节灯酒会，期间忽然接到兵部令，说是山东巡抚赵彦应潍县县令的请求上奏朝廷要求袁可立发大兵平叛，潍县县令说驻防潍县的李性忠和张尔心部要发动兵变，将官大惊失色，一时不知如何应对，而潍县一带的官民更是惶恐不已，乱作一团。且登莱水师向以辽兵为多，此事处理不好恐扰军心。

接报后的袁可立并没有应兵部和山东巡抚之请马上发兵，他私下派人找到总兵沈有容了解核实李性忠和张尔心的最新情况，因为二人都是经沈有容召练过来的辽将，对二人更加了解。沈有容向袁可立担保说二人对大明忠心可嘉，只是军中和地方上因为物资供应问题存在一些矛盾，至于叛乱之事还望斟酌核实。为确保无虞，袁可立令书飞骑以犒酒的名义暂时解除了二将的兵权，并持委任他用的令牌对二将予以安抚，告谕潍营兵士，合营将士皆感泣袁可立睿智和宽厚赦免之恩，从此更加听命。而时已至午夜，酒会正酣，一场惊动大明兵部和山东、登莱两地巡抚的未遂事变被平息于帷幄之中。

明末陆路为后金所阻，朝鲜军政归登抚节制，属国朝鲜弑君篡权，国王李珲为其侄李倧所篡，违背明朝一贯主张的普世价值，袁可立第一个就表示了明确的反对态度：“看得废立之事，二百年来所未有者，一朝传闻，岂不骇异。”上疏明政府：“李珲袭爵外藩已十五年，于兹矣，倧即系亲派，则该国之臣也。君臣既有定分，冠履岂容倒置。即珲果不道，亦宜听大妃具奏，待中国更置。奚至以臣篡君，以侄废伯，李倧之心不但无珲，且无中国，所当声罪致讨，以振王纲。”朝鲜派出328人的庞大使团来登州拜见袁可立，以求获得明政府的册封，口呼“老爷”，尽显大明国威。

迫于明与后金正用兵的危急情实，袁可立又疏请“奴方欲西寇，当令倧犄角用命，戮力殄扫，以盖前衍。”袁可立从全局和明方的利益出发不得已退而求其次。关于“仁祖反正”属于“篡权”这一严正主张一直搅动着数百年后朝鲜历史的神经线，朝鲜君臣认为这一切麻烦全部是“当初因袁可立题本”造成的，说“袁可立之构诬，至于来査”。

于是，对袁可立切齿忌恨，直到五十年后清廷开馆延修《明史》之际，朝鲜多次派出使团来中国在清朝皇帝面前大告前朝袁可立的御状，甚至“结交清朝大臣常明、留保等人，不惜财物贿赂”等手段斡旋满清官员以图改写和销毁前史，《永宪录》和《池北偶谈》等史亦有记载。凡此种种，更是加重了袁可立在满清“文字狱”中遭受毁劫和封杀。

袁可立主张武力抗清和积极防御，尤重海防建设，与明朝一些人“重山海轻沿海”的战略短视形成鲜明对比。他对满清颠覆大明政权的终极目的认识得异乎寻常深刻，坚决反对议和。“经略（袁崇焕）遣人为（老酋）吊祭，公恨其辱国非计，飏言于朝。某公急掩其口曰：‘勿忘言，封拜在此举矣。’公叹曰：‘以此封拜，不虑贻笑后世乎？’拂袖而出。大司马闻之逆珰，珰大恨之。令侦事者日伺公门，卒无可中者。会南户部尚书缺，廷推公，逆珰传票致仕。”毛文龙被擅杀，袁可立苦心经营的海上防线渐趋瓦解，致满人敢倾国中之力大举犯明，至此国事日非，足见袁可立先见之明。