三殿大工正兴，兵部左侍郎有阅视之责，“逆珰魏忠贤与崔司马柄肆虐，有事大会无不呈面媚颜，公独屏居人后，不假辞色。”“至是殿工兴，忠贤借督工无日不与呈秀相见，屏人密语移时，呈秀授党人姓名。”九卿科道官公推袁可立为南京户部尚书，本来魏忠贤也有意依赖袁可立的才望来支撑和平衡多事之秋的明兵部，但出于全面夺权的目的，阉党已经无法隐忍袁可立的忤逆持正，下决心将袁可立排挤出朝。袁可立当堂抗疏道：“此非挂冠神武门时乎？”遂被迫致仕归里。

魏忠贤以心腹刘廷元代袁可立掌南兵部，时北则崔呈秀为本兵，自袁可立去职，天下兵马大权阉党一手握定。袁可立归而魏焰益肆，吏部考功郎苏继欧上疏为袁可立鸣不平，被魏忠贤迫害致死。

皇帝念登莱功，特授兵部尚书，准驰驿乘传归，以三殿告成功加太子少保，累加太子太保，诰封三世，父如子官。

魏忠贤专权，东林党人遭受打击，朝中党派纷争，袁可立深为国事所忧，本意排除党争取中立，终日忙辽务，但思想倾向东林，与高攀龙、冯从吾为同年，黄道周、倪元璐为其门生，魏忠贤由是恨他，同时一些激进的东林人士甚至联合阉党宋祯汉寻衅攻击他。然党祸的酷烈很快就打破了袁可立的初衷，东林党领袖高攀龙致书袁可立道：“弟腐儒一，无以报国，近风波生于讲会，邹冯二老行，弟亦从此去矣”其言犹未尽之厚望可见于笔端。从此袁可立走向了与阉党斗争的前台，每议事“数有所抵牾，欲自请外”，阉党也每以袁可立有意轧己而欲勾陷之，派出大批爪牙“卒日环伺公门，思坐以不法”，但终因袁可立素享清望而无可乘借。

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袁可立做事干练果断，是晚明少见的既清廉又能干的官员，尽量远离党争多做事，为清流官员在晚明党争纷扰的朝堂上争得一席之地，能在群阉环伺的情况下主持辽务多年，成效颇丰，十分难能可贵。董其昌说：“公护名节，胜于功名”。其时朝野为魏忠贤颂功建祠者不可胜数，后来烈皇帝钦定逆案，查实“赞导、词讼”过魏忠贤的大小臣工数以千计，独可立不与。黄道周说：“夷考当年，与公先后秉机佐钺者，名在刑书，历历可数，然后知公之完誉所得远矣”。

崇祯即位后，战事日急，“己巳，虏薄都城。公条上方略，密致当事。”朝廷每有再起之议，袁可立皆谢绝不出，虽有辅臣竭力挽留，但袁可立刚直成性，再削再废，于辽战最急之时弃置于家，所用未尽其才，亦明末一大憾事。

袁可立即将离任，在登州公署中看到了数年难得一遇的海市蜃楼，遂诗兴大发，在蓬莱阁上留下了千古不朽的名篇《观海市诗，成为中国古代罕见的“海市”实录。字由董其昌书写，温如玉刻石，成珠联壁合之珍品。

登莱兵变结束，袁可立呕心沥血开创的登莱防线海线彻底崩溃，心力交瘁的袁可立薨逝于睢州，与徐光启同年生死。大宗伯董其昌言于帝，帝谴使至睢州祭葬，首辅孔贞运亲为墓铭，几乎囊括了那一时代最着名的书画大家董其昌、王铎、黄道周、倪元璐、陈继儒等为其题碑作赞，可见其人格魅力之一斑。