备对倭寇的总攻，先在各海道上环立栅栏阻断倭寇归路，而后谭纶以刘显为左军，俞大猷为右军，谭纶自领中军，以戚继光为先锋，围攻平海卫，一举告破，斩首两千余级，俞大猷与戚继光等率兵追击，倭寇道路不通，又被斩杀三千多人。收复兴化后，因戚继光功劳最多，于是朝廷让戚继光代替俞大猷为福建总兵官，俞大猷调任南赣总兵官。

俞大猷调任广东总兵官，潮州倭寇纠集两万多人，与海盗吴平互为犄角，而此时，少数民族首领蓝松三、伍端、温七、叶丹楼、程绍录、梁道辉等也开始作乱。俞大猷之前有招降这些少数民族部落的经验，而后又多次歼灭倭寇，很有威名，于是俞大猷单枪匹马去招降程绍录，又让程绍录劝梁道辉归降。惠州参将谢敕与伍端等交战，打不赢，就说“俞家军”来了，伍端等首领赶忙逃回山寨，不久，俞大猷果真来到惠州，将温七擒获。伍端见温七被擒，于是负荆请罪来俞大猷军中，请求攻打倭寇开弥补自己的过失。俞大猷于是以伍端为先锋，在邹塘围攻倭寇，焚杀倭寇四百多人。倭寇全部逃到崎沙、甲子等处，抢夺渔民船只向大海方向逃去。倭寇船只在海中多遇风沉没，侥幸脱险的二千多人，退守海丰金锡都。俞大猷率军将其包围两个月，倭寇粮食断绝，打算逃走，却被副将汤克宽设伏兵击败，手刃倭寇首领三人，参将王诏等人随后赶到，将倭寇全部剿灭，俞大猷于是转移到潮州，将蓝松三、叶丹楼、吴平等招降。

吴平造船几百艘，聚众一万多人，筑城造反，在劫掠滨海诸郡，戚继光率军将吴平击败，吴平逃往南澳，不久之后，吴平攻掠福建，把总朱玑等战死。俞大猷率领水军，戚继光率领陆军，二人夹击南澳，大破吴平，吴平只身前往凤凰山。戚继光留守南澳，俞大猷部将汤克宽、李超前往攻打，但却遭遇失败，吴平抢夺民船逃到海上，俞大猷遭到巡按御史的弹劾，被免官，而吴平又被汤克宽在万桥山歼灭，吴平生死不明。

李亚元在河源、翁源一带作乱，总督吴桂芳征兵十万，派俞大猷前往征讨，俞大猷分兵五哨，直岛李亚元巢穴，前后俘斩一万四百余人，夺回百姓八万余人，朝廷于是以俞大猷为广西总兵官，授平蛮将军。而后伍端病死，伍端部下王世桥叛乱，并劫持同知郭文通，俞大猷率军前往将击败，王世桥部下将其捆绑来献给俞大猷，俞大猷官进署都督同知。

海贼曾一本在广州、福建叛乱，澄海知县被擒，守备李茂才战死，朝廷于是让俞大猷暂时督广东兵前往征讨，俞大猷率领郭成、李锡等将其剿灭，将曾一本擒杀，俞大猷官进右都督。广西黄朝猛、韦银豹作乱，劫杀官军百姓，抢夺财物，巡抚殷正茂征兵十四万，派俞大猷前往讨伐，俞大猷兵分四路，连破贼巢几十个，韦银豹等退保潮水，潮水地势非常高，俞大猷连续攻打了十多天没有攻下，于是佯攻马浪，派参将王世科趁雨夜上山设伏，黎明时开始攻山，将敌人全部歼灭，斩首八千四百余，并生擒黄朝猛、韦银豹，俞大猷因功子孙世袭指挥佥事。

俞大猷是一位廉洁的将帅，对部下颇有恩惠，数建奇功，名震南部疆土，而巡按李良臣以奸贪之罪弹劾他，兵部坚决为其辩诬，皇帝诏令俞大猷回原籍听候差遣。后来起用为南京右府佥书，未及赴任，后又以都督佥事出任福建总兵官。海贼突袭闾峡澳，俞大猷因战事失利被免官，又以署理都督佥事起用为后将军府佥书，负责训练车营。

俞大猷连续上疏三次，请求告老还乡，不久病死，朝廷追赠赠左都督，谥武襄。俞大猷负有奇节，以古代贤人豪士为自己的楷模。他用兵，先谋略而后征战，眼光远大，不贪近功，忠诚为国的精神老而弥笃，所到之处屡有大功。