俞大猷家世袭的特权。俞大猷大破徐海倭寇，浙西的的倭寇被彻底平定，但宁波舟山的倭寇依据险要，与官军抗衡，官军将其围困，而难以攻克。此时，士兵都已遣散放归，而从四川、贵州调集的麻寮、大剌、镇溪、桑植六千名士兵刚到，俞大猷乘大雪天，四面攻击舟山倭寇，倭寇拼死作战，杀死了士官一名。各路官军愈益争先，冲上去焚毁了敌人栅栏，倭寇死亡甚多，逃出来的也被歼灭，舟山倭寇被官军扫平，俞大猷以战功先后升任都督佥事、署都督同知。

胡宗宪听从卢镗的建议与汪直通市贸易，俞大猷表示坚决的反对，后来汪直被诱捕下狱，汪直的余党毛海峰占据舟山、岑港，俞大猷率军前往征讨，戚继光也率军前来，和俞大猷合兵一处，将毛海峰包围，四面攻打。但是岑港地势高，俞大猷、戚继光军仰攻困难，虽然有些小的胜利，但是将士死伤惨重，包围了很久都没有攻下来，而倭寇又不断有援兵到来，朝廷急切地督促胡宗宪出战，胡宗宪以大话敷衍。这个时候，朝中大臣竟然开始诋毁胡宗宪，并弹劾俞大猷，朝廷于是罢免了俞大猷和参将戚继光，并以一月为期限，平定倭寇。

俞大猷与戚继光于是对岑港展开猛烈的进攻，倭寇虽然死守，但终于抵挡不住，造船从岑港转移到柯梅，俞大猷和戚继光趁机追击，击沉倭船一艘，其余倭寇于是流窜到闽、广一带。俞大猷先后杀倭寇四五千人，几乎平定倭患，但是由于官军将倭寇围攻一年不能攻破，胡宗宪觉得让倭寇出走更有利，于是暗地让敌人逃跑，并不督兵追击。御史李瑚就此事弹劾胡宗宪时，胡宗宪却将罪责推到俞大猷头上，皇帝大怒，下令逮捕俞大猷，再次剥夺他的世袭荫庇的特权。

俞大猷好友陆炳用自己的钱财贿赂严世蕃，俞大猷得以被释放出狱，到了大同巡抚李文进手下，李文进于俞大猷商议后建造独轮车对付敌人的骑兵，并在实战中，用一百两独轮车和马步并三千于安银堡大破敌军。李文进将这种建制上报朝廷，朝廷于是开始设立兵车营，李文进与俞大猷袭击板升，大获全胜，俞大猷家世袭的特权得以再次恢复。而后俞大猷又于广武击败敌军，于是论平汪直功，并受到川湖总督黄光升的推荐，重新开始被录用，用为镇篁参将。

俞大猷奉命征缴广东广东饶平贼张琏，张琏自称飞龙国皇帝，攻略城池，俞大猷见张琏带兵远出，于是带兵进攻张琏的巢穴，趁张琏回兵救援时，将张琏击败，斩首一千二百余级。张琏被俞大猷打的害怕，坚守不出。俞大猷于是设计，引诱张琏出战，将张琏引诱的埋伏的地方，将张琏包围，将张琏连同其部下萧雪峰等全部生擒。与俞大猷协同作战的闽、广一带的官员冒领俞大猷的战功，但俞大猷并不与其计较。事后，俞大猷被提升为副总兵，协助驻守南、赣、汀、漳、惠、潮诸郡。俞大猷又乘胜征讨程乡的盗贼，梁宁逃走，徐东洲被擒获，林朝曦约请黄积山谋求大举抗拒官军，官军攻破贼营，斩了黄积山，林朝曦逃去，但后来也被徐甫宰所击灭。

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从日本国本土而来的新的倭寇又伺机侵略，他们人数日益壮大以后，袭击兴化，但围攻了好几个月都没有攻下来。而此时刘显派了八个人带着书信到兴化传达信息，被倭寇拦杀，倭寇就换上刘显使者的服饰骗开城门，趁机攻陷了兴化城。倭寇攻陷兴化后，刘显率兵逼近兴化，但因为兵少，刘显不敢擅自攻城，却因此被弹劾，背负罪名。俞大猷认为在兵力不足的情况下，与倭寇在城外战，胜负参半，如果强行攻城，损失过重，反会被倭寇所灭，所以需要有足够的军队来合围。

朝廷以俞大猷为福建总兵官，并以谭纶为右佥都御史，巡抚福建前来支援，而都指挥欧阳深却中了倭寇埋伏搏战而死，倭寇遂占据平海卫。戚继光率领浙江兵前来支援，戚继光到后，谭纶立刻筹