期未加公布。赞画主事丁应泰听说杨镐打了败仗，去向杨镐询问今后的办法，杨镐把张位、沈一贯的亲笔信连同他们所起草的那道未经公布的圣旨给应泰看，并且扬扬得意地吹嘘自己的功绩。应泰感到气愤，就抗言上书讲了军队战败的情况，说杨镐应当问罪的有二十八条，可羞的有十点，并且弹劾张位、一贯同他共同作奸。万历帝极其恼火，想依法惩处他们，首辅赵志皋做了营救，万历帝才罢免杨镐，让他听候核实，让天津巡抚万世德去接替了他。后来，东征朝鲜的事情完结了，给事中杨应文讲到杨镐的功绩，万历帝下诏准予再任用他。

杨镐起复为辽东巡抚。期间，他在镇安袭击了炒花部落，御史田生金弹劾他挑起争端。当时辽东战事很忙，杨镐极力推荐李如梅，请求重新任用他做大将，被给事中麻僖、御史杨鹤弹劾。杨镐上书辩解并请求离职，神宗不加过问，杨镐最后回乡去了。

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后金努尔哈赤以七大恨告天攻明，打下抚顺，守将王命印战死，辽东巡抚李维翰催促总兵官张承荫前往增援，承荫与副总兵颇廷相等人都战死了，周围一带大为震惊。朝廷讨论认为杨镐熟悉辽东的军事，就起用他为兵部右侍郎，前去担任经略。杨镐到任后，就申明纪律，征集四方部队，打算大举作战，后金军由鸦鹘关打下清河，副将邹储贤战死。万历帝命令赐给杨镐尚方剑，允许他斩杀总兵以下的将官，杨镐就把清河逃将陈大道、高炫斩了，在军中巡回展示。这年冬天，各地援兵大批集结起来，杨镐就决定进兵。当时，蚩尤旗这颗彗星有整个天空那么长，彗星又出现在东方，天上发生陨星，地上发生地震，有见识的人认为这些是失败的征兆，大学士方从哲、兵部尚书黄嘉善、兵科给事中赵兴邦等人都认为部队驻久了粮饷缺乏，就传发红旗，天天催杨镐进兵。

杨镐才召集总督汪可受、巡抚周永春、巡按陈王庭等决定，兵分四路：总兵官马林出兵开原，攻打北面；杜松出兵抚顺，攻打西面，李如柏从鸦鹘关出兵直奔清河，攻打南面；东南面则让刘綎出兵宽甸，经凉马佃捣后，用朝鲜部队来帮助他。号称大兵四十七万，约定三月二日在二道关集合后一起出发，当时天下着大雪，部队不肯向前走，出兵的时间又泄漏出去了。

杜松想立个头功，先期渡过浑河，开到二道关来，伏兵大起，杜松全军覆没了。马林统领开原部队准备从三岔口出师，听说杜松战败，就停步不前，结营自保。后金部队居高临下，奋勇出击，马林招架不住，大败而逃了。杨镐听说后急忙传令想停下李如柏、刘綎的两支部队，李如柏就停止不前了，刘綎当时已经深入三百里，到了浑河，金军攻打他，但打不动他。

后来，就打着杜松的旗帜，穿着他的衣甲蒙骗刘綎，金军进入他的兵营以后，刘綎的营中大乱，刘綎奋力拼战而死，只有李如柏的军队得以完整保存。文武将吏前后死去的有三百一十多人，士兵四万五千八百多人，丢掉的马匹、骆驼、兵器就多得无法计算了，战败的报告递到朝廷后，京师大震，御史杨鹤上书弹劾他，万历帝没有答复。

不久，开原、铁岭又相继失守了，言官纷纷上书弹劾杨镐，杨镐于是被逮进了天牢，判为死刑，崇祯二年，杨镐伏法。