守锜总督京营，也恨邦华压过自己，这时乘机诋毁他，邦华自感不安稳，上书陈情表白，同时还权给崇祯帝。恰好这时满桂的部队在德胜门外抵抗后金的部队，城上点燃大炮帮助满桂，误伤了满桂很多士兵。都察院都事张道泽于是就弹劾邦华，言官也上书谈论，朝廷就罢了邦华的官，让他回乡闲住。从此接任的人都拿邦华作为教训，大都因循守旧，姑息养奸，兵政也就没法子讲了，邦华前前后后被罢官，在家里闲住过二十年，他的父亲廷谏也还健在。

邦华复起，出任南京兵部尚书，确定军营编制，裁减不必需的将官，合并原先分设的部队，邦华认为防守江南不如防守江北，防守长江下游不如防守上游，于是从浦口考察到滁州、全椒、和县，观察地理形势，绘成地图进呈给朝廷。他在浦口沿江修建了敌台，在滁州设置了驻防士兵，在池河修建了城墙，在滁州、全椒咽喉地藕塘修筑了堡垒。和县遭到贼兵屠戮，邦华请求把他划归太平州。又申请在采石山上开设军府，在太平的港道上设置哨所，大力开垦当涂一带的几万顷闲田，储备军粮。徐州是南北交通要害，水陆交通会合的地方，邦华奏请在那里驻扎重兵，设总督一名，由他发号施令征调部队，奠定两处皇陵、京城万无一失的局势，他的奏章都被交给有关部门讨论，还没来得及执行，邦华因为给父亲守丧离去了。

邦华起复故官，掌管南方都察院的事务，接替刘宗周当了左都御史。都城受到攻打，邦华立即请求让自己率领东南地区的援兵前往入卫，艰难地拖着病体出发了。当时，左良玉的几十万败兵败将声言缺饷，要去南京运国库银过来，大小船只蔽江东下，南京的士绅、百姓一个晚上搬迁几次，文武大吏都你瞪着我，我瞪着你，不知如何是好了。邦华叹气说：“中原一带安静的国土只剩下东南地区这个角落了。我身为大臣，怎么忍心看到内部决裂，在局外袖手旁观，离开这个地方呢！”于是，停下船起草一篇檄文给良玉，责以大义，良玉理亏，回信时话说得很恭敬。邦华就使用见机行事的特殊权限把九江的库银拨出十五万两给良玉当军饷，又亲自到他的部队中开诚布公地进行了慰劳。良玉和他的部下都很感动，发誓要杀贼报国，这支部队整个才安定下来。

崇祯帝听说后非常高兴，召见邦华来进行了嘉奖、慰劳。邦华跪着讲话讲了好一会儿，崇祯帝几次要他站起来讲，口气温和，像对待自家人一样，宦官们远远躲在一边，吓得不敢出气。后来，崇祯帝召见百官时，目光总注视着邦华，按照原来的规定，御史到外地巡视，回朝后再对他们进行考核。邦华认为回来后再进行考核、罢免，害事也害得太多了，他弹劾并罢免了巡按、巡盐御史各一人。奉命考试御史时，邦华又罢了一名不称职的御史，又把一名没有明显过错但以前当推官时贪婪的名声很大的御史追罪免了，都察院的官吏们这才有了畏法心理。

李自成攻下了山西，邦华秘密上书请求崇祯帝固守京师，同时仿照永乐年间的旧例，让太子到南都监国，过几天没得到回复，邦华又请求把定王、永王分封到太平、宁国二府，让他们拱护两京。崇祯帝收到奏疏后动了心，绕着大殿行走，一边读一边感叹，打算按他讲的办。恰好这时崇祯帝召见群臣，中允李明睿上书说南迁为好，给事中光时亨检举他号召别人，泄漏了机密。崇祯帝说：“国君为国家而死是本分，朕已经打定这个主意了。”于是，拒绝考虑邦华的办法。

贼寇兵临都城，邦华立即到内阁去商量国事，魏德藻信口答复他说：“暂且等等看吧。”邦华叹着气出来了。后来，邦华带着御史们想登城参战，一群宦官挡住他们，不让上去。十八日，外城失守，邦华跑到文信国的祠堂里过夜，第二天，内城也失守了，邦华于是对着信国的木主作了三个揖说：“邦华死于国难，请跟随先生到墓下去吧！”写下一首绝命诗