的密令之后，先派遣渔民郭延前往侦察，并秘密备战，在郭延侦知这股倭寇的确切消息后，沈有容下令出征。但“时腊月，非出海候，诸将及舵师皆有难色”，沈有容将朱运昌的密令下达，但为了防止奸细告密，他只说：“吾近往耳，聊以惧窃窃通我分地者。”摆出了一副只是例行巡逻的姿态。

于是，沈有容统战船24只前往征剿，可惜天公不作美，船队在过澎湖时遇上了飓风，船队飘散。因为当时天色已晚，沈有容不得不冒险停泊在地势险峻，船不得并行的丁屿门。在这里等候了三天，飘散的船只才归队，但只剩下了14只船，沈有容认为倭船不过7只，我军是他们的一倍，破之足矣，于是又再向台湾前进。到了第二天，与倭寇相遇，“将军率诸将士殊死战，无不一当百；贼大败，尽出辎重投之于海令我军拾，而姑少缓师。我军无一人取其秋毫，战益力，斩馘火攻，须臾而尽。”是役，“斩级十五，而投水焚溺无算，救回漳泉渔民三百余人”，“倭遂去东蕃，海上息肩者十年”。在明军登陆修整的时候，台湾土着民的一个酋长大弥勒“扶老携幼，竞以壶浆、生鹿来犒王师，咸以手加额，德我军之扫荡安辑之也”，并邀请沈有容去它们的寨子做客。随行的学者陈第将一路见闻记载下来，整理成《东蕃记》，是现存最早的台湾史料。沈有容此次军事行动是明廷在台湾显示主权的一次重要行动，当时福建官府因决策失误未能在台湾开府设县，也没有留下驻军。

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沈有容立此大功返回福建，等待他的却是“总府方索宝，而本将又复忌功”，要没有朱运昌在上面给他顶着，恐怕又不免得咎，但最后的结果竟是“捷闻，文武将吏悉叙功，有容赍白金而已”，只得了六两赏金。这时，朱运昌却因病去世了，沈有容十分伤心，七次具文乞归，但新任巡抚徐学聚坚持不允，沈有容只好继续在福建沿海，奔驰于危涛之间。

荷兰东印度公司成立，派韦麻郎率领一支舰队前往中国。他们的舰队首先停泊在大泥，本来想与暹罗国王的朝贡使团一同去中国碰碰运气，但没想到朝贡使团还未出发，暹罗国王却死了。但韦麻郎却在此地结识了李锦、潘秀、郭震三名中国奸商，也不算没有收获。福建政府派遣了詹献忠等人，去让韦麻郎归国，但他们因为贪图荷兰人的钱财，竟带了许多货物去卖，并且沿海也有许多商人私自去做生意，荷兰人得到了好处，通商的愿望更加迫切了，所以韦麻郎又派通事林玉去贿赂税监高宷。

林玉虽被福建官府抓获了，但高宷已经得到了消息，就派遣了心腹周之范去见韦麻郎“说以三万金与宷，即许贡市”，韦麻郎“赠饷甚侈”，同意了高宷的要求，并派遣通事与头目九人要去福州与高宷详细商谈，但因为风候不对，未能成行。高宷还与他的死党福建总兵朱文达密谋说：“市幸而成，为利不赀。第诸司佐佑，唯公图之！”朱文达于是对福建巡抚徐学聚说：“红夷勇鸷绝伦，战器事事精利，合闽舟师不足撄其锋，不如许之。”但徐学聚头脑清醒，坚持不许，将驱逐荷兰的事交给了参将施德政与都司沈有容。

沈有容听说荷兰强占澎湖，要求通市时，就说：“夷意岂在市？不过悬重赂饵我，幸而售，将鼾睡卧侧，踵香山澳故事，睥睨中土尔。”力主不可通市。受命之后，沈有容认为对待荷兰这件事“剿而得胜，徒杀无罪，不足明中国广大；不胜，则轻罢百姓力，贻朝廷羞，不如谕之”。所以他先释放了林玉，想要用为反间，然后架一艘小船直接去了澎湖。

沈有容见到韦麻郎后，说：“天朝体统甚肃，上有抚、按二台，中有藩、臬诸司，外有将领、郡邑百执事，纲纪相承，凡事非商定不敢以闻。若欲求互市于闽，互市事至钜，孰敢主之？若等皆良商，独不识此乎？”韦麻郎说