任职两年，得到母亲去世的消息，十分伤心，当天便弃官而去，也没等上司批准他丁忧。

此时，倭寇、海盗交相为害，宁波、绍兴、台州、温州都受到了严重破坏。宁波、温州两处参将都被降级、提问，只有沈有容因为在路上堵截得了首功题叙，所以秋天调任天津海防游击，浙江巡抚高举见到邸报后，将沈有容留在温、处，没有去成。

有三只船进入沈有容防守的凤凰洋，因言语不通，沈有容通过写汉字来问，才知道是安南商人裴光袍的商队，遇到风暴，飘至此地。但沈有容手下数十人，却想将这一百二十九人当作倭寇杀了报功，并跪下求沈有容允许，沈有容坚持不允，并下令：“杀一夷者，即戮以徇”，众将士才稍稍安定下来。沈有容将此事上报朝廷，安南商队等候上谕的九个多月，衣食全都是沈有容供给的。考虑到陆行迟缓，特别派了三艘兵船护送他们到了广东，然后交接给广西巡抚送回安南。事后，沈有容认为此事“逾于平生辛苦战功十倍”。但不久，就有人诬告沈有容纳贿，沈有容无奈乞归，一年八请，才得以还乡。

日本“村山舰队”入侵台湾，由于日本当时并没有实力大举入侵明朝，所以就转向侵略朝鲜、琉球，在朝鲜的军事行动虽然失败，但日本却控制了琉球，并想继续南进，吞并台湾。沈有容复职，黄承玄派太宁道林茂槐亲自到沈有容家聘请他，沈有容认为黄承玄大度，可以任人，所以重新回到福建，黄承玄当即任命他为水标参军。

明石道友奉村山等安之命，以送回董伯起为名，携带礼物及上明朝表章一道，停泊在福建王崎澳，要求恢复通商。黄承玄命沈有容出抚，明石道友与董伯起、通事高子美前来。明石道友当时未曾佩刀，沈有容问：“汝何不佩刀？”明石道友答道：“不敢！”沈有容亲自取来一把太刀给他配上，明石道友感激欲死，因为佩刀毕竟是武士的象征，明石道友呈上表文，沈有容因不合体制而却之，只带着董伯起与其他几名一起送归的人回到福建。后来，福建海道副使韩仲雍在接待明石道友之时，对日本的侵略行为进行了严厉的责问，并警告日本“汝若恋住东蕃，则我寸板不许过海，寸丝难过蕃”，明确指出不许日本涉足台湾。

明石道友还未离开，桃烟门又率领三艘战船、倭寇百余人进犯浙江，打破了浙江的一艘兵船，杀了十几名浙兵，又流窜到福建沿海，掳掠了二十余人。他们在驶进东沙白犬澳时，触礁搁浅，只好在此地“搭寮楼住”，欲夺船归。黄承玄得到消息后，将此事全权交给了沈有容负责。沈有容三路围困，用大炮仰攻，焚毁了倭寇的房舍与积聚，但倭寇依然“挥刃装铳，意在拼死突围”，把总何承亮欲要进攻，沈有容说：“困兽难迫，且多礁石，易损舟。彼藏礁石间待我，必大损兵，不如诱而擒之便。”

于是，派遣精通日语的王居华前往晓谕：“汝辈命在须臾；若未有犯唐罪过，分剖明白，或尚可觊一线生路！”并说明石道友已经受抚。桃烟门颇为意动，正在犹豫。次日，有倭寇率大乌船一只、渔船两只前来救援，沈有容“麾率官兵奋力冲攻，戈船飙集、火器雷震”，三船立沉。桃烟门见突围无望，就说：“有道友书来，即从。”明石道友“亦丑其类”，写了书信交给了沈有容，桃烟门等人见了明石道友的书信，便投降了，但有部分顽固分子选择了自杀。

沈有容擒获六十九人，斩了其中两名汉奸，然后分属于诸将报功，此役未伤一名明军。董应举听闻后，叹息道：“东沙之役，某生六十一矣，未见有此不伤一卒、不折半矢、不糜斗粮、不旷时日，去如振叶、归若系豚，捷速而完，功难而易；就使俞、戚再生，亦当首肯矣。”并在今连江县东莒岛西南隅的山崖旁亲自为沈有容书写了题名碑，原文为“万历强梧大荒落，地腊后挟日，宣州沈君有容获生倭六十九名于东沙之山，不