即引咎辞职，魏忠贤再次假传圣旨痛切责备他，放赵南星回家。

高攀龙也引咎辞职，给事中沈惟炳上疏挽救，也被流放在外。不久，陈于廷、杨涟、左光斗、袁化中因为会同赵南星等推举官员，违背了魏忠贤的意思，同时被排斥。魏忠贤又把赵南星所摈弃的徐兆魁、乔应甲、王绍徽等人安排在政府要害部门。自此，阉党势力全面占据上风，东林党人都受到了不同程度的迫害。

此时，御史张讷弹劾赵南星十大罪状，并且弹劾邹维涟、程国祥、夏嘉遇以及王允成，得熹宗旨，将他们全部削籍为平民。叫人再次上奏赵南星的同伙，张讷又列上李邦华、孙鼎相等十四人的名字，将他们统统贬职罢黜。石三畏也被起用任命为御史，上疏攻击赵南星以及李三才、顾宪成、孙丕扬、王图等十五人，东林党人已经死亡的都剥夺官职，有官职的祸害更加惨烈。

不久，因为汪文言的供词涉及到赵南星，赵南星被交给抚按审讯，而此时郭尚友巡抚保定，巡抚马逢皋也对赵南星怀恨在心，于是相邀在朝廷上侮辱他，用竹板打他的儿子赵清衡和外孙王钟庞，将他们下狱，让赵南星赔偿赃款一万五千两银子。赵南星家一向贫穷，靠亲友捐助才将官司了结，最后将赵南星发配代州，赵清衡流放庄浪，王钟庞谪戍永昌。赵清衡的嫡母冯氏，生母李氏，都由于哀痛过度而死，七岁的儿子也由于受惊吓死去了，赵南星到达发配地，安然自处。

明思宗登基，下诏赦免赵南星，让他返京，山西巡抚牟志夔是魏忠贤的死党，故意推迟派送，赵南星最终死于戍所代州，享年七十八岁。