之所以不能无疑也。”他为姜应鳞、沈璟辩护，认为二人被贬，反而导致人心更加怀疑。二臣所说，不过是“重储贰”“定大本”，因为立嫡以长自有定分，希望陛下早定而豫教，与陛下“立储自有长幼”之意，正好相合。他们所说的“慎封典”“详大典”，不过是说，恭妃、贵妃都诞育皇子，贵妃不应该独封，希望并封恭妃，并没有阻止贵妃之封。这也和皇上所说“册封非为储贰”之言，并不违背。既然如此，为什么要把姜、沈二臣贬谪呢？这正是天下之所以深深怀疑的地方。所以他主张，册立皇长子为皇太子，将恭妃、贵妃同时进封为皇贵妃。

孙如法的奏疏，言词虽然和缓，气势却很凌厉，明神宗看了大为光火：“立储定序已屡颁明示，孙如法不系言官，如何出位渎扰救护！宫闱事体彼何由知？好生狂躁。本当重处，姑降极边杂职。再有妄言者，重治如法。”皇帝一再严厉封杀批评意见，官员们只得缄默不响了。

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明神宗亲御皇极殿传制，祭告奉先殿，遣定国公徐文璧、大学士申时行为册封使，持捧节册，册封贵妃郑氏为皇贵妃。郑皇贵妃的册文中除了官方文书用来夸奖后妃的词句之外，有两句是明神宗特意加上的：“朕孳孳图治，每未明而求衣；尔肃肃在公，辄宣劳于视夜”。

贵妃郑氏生皇第三子朱常洵，进封皇贵妃，因皇长子之母王恭妃不得进封，且神宗一直拖延册立太子，朝臣疑心郑贵妃图谋立自己的儿子朱常洵为太子，便争言立储，章奏累数千百，皆指斥宫闱，攻击朝政，神宗概置不问。前后争吵长达十五年，使得无数大臣被斥被贬被杖打，明神宗身心交瘁、整个帝国不得安宁的国本之争，由此拉开序幕。

大理寺评事雒于仁上《酒色财气四箴疏》，对明神宗进行批评、劝诫，使明神宗大为光火。神宗于毓德宫召见辅臣申时行等人，对于疏中“溺爱郑氏，偏宠贵妃”的指责做出了解释，说“朕只因郑氏勤劳，朕每至一宫，她必相随，朝夕间小心侍奉勤劳”。在申时行再次提及立储之事时，明神宗又主动替郑皇贵妃做出解释，称“郑妃再三陈请”，只是自己认为长子犹弱，欲等其健壮再行册立之事。国本一事，事关重大，在有太后、皇后的情况下，本不应由郑氏这个皇贵妃向皇帝屡屡进言，故大臣们对明神宗的解释并不信服，认为这不过是皇帝在为自己因爱偏废，不愿册立长子的行为而欲盖弥彰，且希望借此为郑皇贵妃博取好名声而做出的努力。

郑皇贵妃在北京朝阳门外的东岳庙祈福立碑，碑文由武英殿大学士太子太保礼部尚书王锡爵亲自撰写，但不知是出于有心还是无意，在碑文中竟出现了“皇三太子”的称谓。在东岳泰山与国本相关的几个碑刻中，王锡爵撰写的《东岳庙碑》是最早出现“皇三太子”称号的碑，这也是最早称皇三子朱常洵为“太子”的历史记录。

乾清宫、坤宁宫被大火烧毁，明神宗先是移居毓德宫，后移居启祥宫，王皇后随之亦居住于启祥宫，但“中宫不复得时奉晏闲，惟翊坤宫郑皇贵妃及其他宠嫔侍左右”。皇后与皇帝同住于一宫，但是依然不得相见的情形，使得京中流言遍起，盛传中宫久病，侍卫不过数人，膳食服御，俱为明神宗裁减大半，王皇后渐渐抑郁成疾，大臣们怀疑，明神宗此举是想等待皇后病逝，好立郑皇贵妃为后，继而立皇三子朱常洵为太子。

皇长子讲官黄辉从内侍处探得宫中情况，言皇后多疾，左右之人多认为待得王皇后崩逝，郑皇贵妃将正位中宫，遂将此事告知工科都给事中王德完。王德完上疏明神宗，应当眷礼中宫，疏入，帝震怒，并将其下诏狱拷讯。明神宗传谕内阁，称皇后乃圣母所选之原配，一直优容以待，只是近几年来为人逐渐变得悍戾不慈，不得以时常教训于她，以全妇道。