任。王锡爵三次婉辞不就，神宗坚持任用。当时，言官们的势力很强，每日奏章不断，王锡爵遂进密帖给神宗，让神宗“于章奏一概留中，特鄙夷之如禽鸟之音。”言官们听说后，引起公愤。纷纷上章弹劾，将此前旧账又都搬出，王锡爵本不准备就职，于是更加决心杜门养老。神宗虽然越加眷顾，王锡爵就是执意不出。

锡爵辞相归隐后，仍密切关注着朝鲜局势的后续发展，万历帝向国内各地派出矿税太监，四处横征暴敛，造成民间扰动不安。王锡爵当时便指出倭寇可能趁此机会，再度发动侵朝战争，果不其然，丰臣秀吉再次出兵朝鲜。后病逝于家，享年77岁，朝廷赠他太保衔，赐谥号文肃。