神宗命潘致仕。潘晟乃张居正生前所荐，他的下台，标明了张居正的失宠，言官也把矛头指向张居正，神宗于是下令抄家，并削尽其宫秩，迫夺生前所赐玺书、四代诰命，以罪状示天下。而且张居正也险遭开棺鞭尸，家属或饿死或流放，后在舆论的压力下，中止进一步的迫害，张居正在世时所用一批官员有的削职，有的弃市，直到天启皇帝为张居正复官复荫。