嚣呼达旦”，马芳却不慌不忙，命部下堂而皇之打开马莲堡城门，自己却在军帐里安然静坐，对蒙古军的挑衅充耳不闻。虚虚实实下，蒙古军果然上当，叫嚣整夜，却不敢贸然进攻。

“空城计”终为马芳赢得了宝贵的反击时间，次日上午，马芳亲临阵前观察，判定蒙古军正准备撤退，马芳立刻下令全军追击，先命火器齐轰，然后全军出击，明军“喊杀冲突，悍勇不可挡”。猝不及防的蒙古军再次大溃，不但被马芳追杀数十里，更被赶进了明军早已设伏良久的大同，延绥两镇精兵乘机出动，一路奋勇追杀，“沿途斩首俘获甚重”，阿勒坦再次大败。此情此景，诚如战后在杨博的奏折中所言：“此役同仇敌忾，追歼逐北，其酣畅淋漓，为九边罕见也。”对马芳，杨博更赞不绝口，称其“以汉李广之智勇，首挫寇之兵锋，当为头功也。”

万全右卫之战胜利后五个月，世宗驾崩，其子穆宗朱载垕登基即位，次年改年号为“隆庆”。穆宗即位初期颇有作为，对北部边防大力整治，而马芳也复职左都督。阿勒坦连续对蓟镇、宣府、大同、固原诸重镇发动了七次侵扰，明军严防死守，皆迫使阿勒坦无功而返，受挫之下，阿勒坦依其属下献策，经仔细筹谋，命其子辛爱率五万骑兵佯攻蔚州，待马芳中计出击后，再派精锐骑兵乘虚攻击宣府，企图重演嘉靖四十二年闪击宣府的先例。但马芳并未中计，当蒙古军奔袭至宣府后，不但见宣府重镇已经严阵以待，马芳更砍伐周边树木在城墙周边环列成栅栏，组成一道遏制蒙古骑兵突击的防线。阿勒坦见状，只得率军北撤。马芳却仍率军尾随追杀二百里，终于在长水海大破阿勒坦主力。

阿勒坦在马芳回师后，立刻集结重兵，再次发动进攻。阿勒坦兵锋逼近时，马芳尚在吃饭，闻讯后马芳当即“掷碗碟于地”，对众将大呼“且随我夺虏食”，立刻率兵出战，在内蒙古鞍子山与阿勒坦军相逢，再次击破阿勒坦，迫使其撤还。战后，马芳命人烹制美食，与此战中阵亡将士的尸骨一起下葬，时任宣大总督的陈其学闻之感叹道：“爱兵如此，方有虎师也。”

宣府遇挫后，阿勒坦转而对邻近宣府的大同地区发动进攻。而宣大总督陈其学判断失误，命大同总兵赵苛将重兵屯守在紫荆关，虽一度击退敌军，却反被阿勒坦避实击虚，绕开紫荆关攻入怀仁、山阴等地区。陈其学在盛怒之下，命时任宣府总兵的马芳与大同总兵赵苛换防，让马芳率军防备阿勒坦，而阿勒坦却转而强攻宣府管辖的威远地区，待到马芳率军驰援时，阿勒坦又率军北撤。

面对阿勒坦的侵扰，马芳决定主动出击，如他对诸将所言“非大创之不可”，马芳探知阿勒坦将主力屯于咸宁海子，随即集中全部主力出击，战前马芳严令三军，全军弃掉辎重物资，每人仅带三日口粮，以示死战之心，全军开拔，一路上“人噤声，马衔枚”，悄无声息高速急行军，抵达咸宁海子外围时，阿勒坦竟毫无察觉。凌晨马芳发动总攻，先以火器攻击，马芳的“家兵”从阿勒坦大营两翼奇袭，马芳率主力正面突击，另有一支精骑在阿勒坦逃路上截杀，阿勒坦再次中计，马芳军四面合围，驰突奔杀，阿勒坦军仓皇弃营，踩踏砍杀殒命者甚重。经一夜血战，阿勒坦终于不支而逃，明军紧紧追赶，从咸宁海子一路向西追杀数十里。

此战阿勒坦伤亡甚重，仅被擒的部落首领就有十数人，缴获战马辎重无数，史称“大创之”。刚刚就任宣大总督的王崇古阅罢战报后当场大喜道：“大同可暂无事也。”

因阿勒坦强娶其孙把汉纳吉的未婚妻乌纳楚，把汉纳吉一怒之下竟带部下家人数十人至大同投奔明朝，阿勒坦闻讯后震怒，立刻率领十余万骑兵杀至大同外围，企图用武力逼迫明朝交出把汉纳吉。但因马芳严防死守，阿勒坦丝毫未占到便宜，而王崇古深谋远虑，一面妥善安置把汉纳吉，一面