振，让他代替江桓。世宗迁就叛乱士兵，就此任命朱振做总兵官，指示礼部铸造新印。席书坚持反对意见，与内阁大臣发生冲突。当时的阁员是费宏、石王缶、贾泳。席书心里不喜欢他们，于是极力推荐杨一清、王守仁入阁，并且说：“现在朝中的大臣都才能平平，没有可以与陛下共商军国大事的人。平定天下祸乱，成就一代功业，非用王守仁不可。”世宗说：“席书作为大臣，应当提出不寻常的策略出来和我一起渡过现在的难关才是，怎么能以才能一般来推诿呢？”守仁最终没能到朝中掌权。

光禄寺丞何渊请建世室，以便在太庙中祭祀献皇帝。世宗传令礼官一起讨论，席书等递上奏议说：“按照《王制》的规定，‘天子的宗庙有七座，太祖之下左右各设三座，共七代’。周朝时因为文王、武王建立过伟大的功勋，才在宗庙里为他们另立世室，与后稷的庙一起都百代不许迁移。我们明太祖为四代祖宗设了庙，德祖的庙在北边，后来改为一庙之中另开房间祭祀。讨论祭祀远祖时就把太祖比作文王设立世室，太宗比作武王也设立世室。现在献皇帝是以藩王身份追加的皇帝称号，何渊竟想把他和太祖、太宗相比，在太庙里设立世室，这很没根据。”世宗没有做什么批复。

不久，张璁也递上专门的奏章，极力说不行，席书也多次上书，和张璁的意见一致，世宗派宦官到他家里当面教他同意，席书又递上机密奏章严词劝阻。世宗很有些不高兴，批评席书，说他害怕闲话，文过饰非，然后才决定另为献皇帝设立祢室，关于设立世室的讨论终于结束了。

席书因为讨论“大礼”一事受到世宗信任，被提拔为亲近的大臣，当初进呈《大礼集议》，已加官太子太保，不久后因为《献帝实录》成书，升为少保。世宗对他特别眷恋、照顾，即使几个内阁大臣也没法和他攀比，可是席书得病后不能办事，多次上书请求退休，举荐罗钦顺接替自己，世宗每次都安慰、挽留他，不准他退休。后来病重，更加坚决要求退休，世宗传令给他加官武英殿大学士，在京城赏他一处住宅，并且和在任时一样支取官俸，席书刚刚接到这个命令就死掉了，朝廷追赠他为太傅，谥文襄，并任用他的一个儿子做尚宝丞，是朝廷少有的待遇。