缅甸，掩盖败绩以为功劳，这与李宓之败有什么区别？而当时杨国忠就是以捷报报告朝廷的。”奏章交到法司，王振从中庇护，王骥得以不被问罪。

土木之变发生，英宗被俘，群臣弹劾王振以及王骥，朝廷因为王骥正在军中，且还要倚仗他讨平苗人，便放过不问。朝廷命王骥佩平蛮将军印，充任总兵官，负责镇压事宜，由侍郎侯琎总督军务，后来苗人势力更盛，部众达十余万。平越被围半年，巡按御史黄镐死守，粮尽便挖草根来吃，而王骥屯兵在辰州和沅州并未进军。黄镐起草奏疏放在竹筒中，找人从间道出来，报告朝廷，代宗改命保定伯梁珤为平蛮将军，增兵二万人，侯璡从云南督军前进，急战，大破叛军，解除各城之围，而王骥也俘获了铲平王虫富等人献给朝廷。

王骥回师后，代宗命他总督南京机务，南京的部队素来偷闲懒惰，王骥到任后，把自己治军的办法教给他们，兵部尚书于谦不器重他，但朝廷因王骥是旧臣而宠礼他。王骥请求代宗授予世券，获准允，代宗命王骥守备南宫，以监视居住于此的太上皇朱祁镇。代宗亲赐王骥敕书，让他解职养老，定期朝见，王骥当时已经七十多岁，仍照样跃马吃肉，盛情于声妓之中。

石亨等人发动“夺门之变”，迎立朱祁镇复位，据传王骥参与了这一密谋，不但自己亲自披甲上马，还将儿孙都带在了身边。事后给王骥的赏赐稍迟，他上书陈说道：“臣的儿子王祥进入南城，被诸将所挤，摔到地上差点死去，现在论功没有他的份，臣怀疑有人把他压了下来。”英宗便任命王祥为指挥佥事，仍任王骥为兵部尚书，管理兵部事务，加勋阶为奉天翊卫推诚宣力守正文臣、光禄大夫，其余如旧。

几个月之后，王骥请老告退，后来在家中病逝，终年八十三岁，英宗闻讯后，为其辍朝一日，按旧例赐葬祭，追封靖远侯，谥号忠毅。在明代顾其言的《皇明百将列传评林》及黄道周所着的《广名将传》中，王骥均位列其中。